Efficient and Accurate Site-Directed Mutagenesis of Large Plasmids
Notice bibliographique
Résumé
Since the development of the polymerase chain reaction (PCR) technique (), its potential use as a tool for site-directed mutagenesis (SDM) has been extensively explored, as illustrated by several chapters in this volume. In particular, the relative ease with which DNA fragments of 2–3 kb can be generated facilitated the development of the highly efficient procedure known as “recombination PCR” (RPCR), the principles of which were first described by Jones and Howard () and were later refined (3,4). Briefly, in this technique, the entire plasmid, containing the cloned gene of interest, is amplified as two overlapping fragments, each generated using a primer pair comprising a nonmutagenic primer directed to vector sequence and a mutagenic primer targeting the mutation site. Following separate amplification of the plasmid in two halves, using both primer sets, the complete plasmid is regenerated by recombination in vivo following cotransformation of the two fragments into competent recA− Escherichia coli cells. Since both DNA strands carry the desired mutation as directed by the mutagenic primers, the recovery of mutant clones should, in theory, approach 100%, although, in practice, mutant yields, ranging from 50 to 100% have been reported ().
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».