Quantifying the similarity between genes and geography across Alaska's alpine small mammals
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim Quantitatively evaluate the similarity of genomic variation and geography in five different alpine small mammals in Alaska, and use this quantitative assessment of concordance as a framework for refining hypotheses about the processes structuring population genetic variation in either a species‐specific or shared manner. Location Alaska and adjacent north‐western Canada. Methods For each taxon we generated 3500–7500 single‐nucleotide polymorphisms and applied a Procrustes analysis to find an optimal transformation that maximizes the similarity between principal components analysis maps of genetic variation and geographical maps of sample locations. We generate stability maps using projected distributions from ecological niche models of the Last Glacial Maximum and the present. Results Significant similarity between genes and geography exists across taxa. However, the extent to which geography is predictive of patterns of genetic variation not only differs among taxa, but the correspondence between genes and geography varies over space. Geographical areas where genetic structure aligns poorly with the geographical coordinates are of particular interest because they indicate regions where processes other than isolation by distance (IBD) have influenced genetic variation. The clustering of individuals according to their sample location does not support suppositions of admixture, despite the presumed high vagility of some species (e.g. arctic ground squirrels). Main conclusions Genomic data indicate a more nuanced biogeographical history for the taxa than suggested by previous studies based on mtDNA alone. These include departures from IBD that are shared among taxa, which suggest some shared processes structuring genetic variation, including new potential ancestral source populations. In addition, some regions fit expectations of IBD where incremental migration and gene flow play a strong role in population structure, despite any ecological difference among taxa. Differences in dispersal capabilities do not result in different species‐specific local patterns of population structure, at least at the sampling scale examined here. We highlight how the general fit to, as well as departures from, expectations for patterns of genetic variation based on the Procrustes analyses can be used to generate hypotheses about the underlying processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».