Is a highly pathogenic avian influenza virus H5N1 fragment recombined in PB1 the key for the epidemic of the novel AIV H7N9 in China, 2013?
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: A novel avian influenza A H7N9 virus that infects humans was identified in China in 2013. This study is the first to comprehensively investigate the characteristics of genomic recombination, rather than reassortment, which has been the subject of investigation in previously reported studies. METHODS: Novel avian influenza virus (AIV) H7N9 genome sequences were obtained from the NCBI Influenza Virus Sequence Database and the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Database (GISAID) and a representative isolate was subjected to homogeneity analysis. A phylogenetic tree was constructed. Eight segments of the isolate were analyzed to identify segments with recombination events, the corresponding recombination fragments, and breakpoints. The evolutionary history of the recombined fragments was tracked by constructing phylogenetic trees of the recombination fragments. RESULTS: Among the eight segments of the novel AIV H7N9 analyzed, only the PB1 segment showed a marked recombination phenomenon, with 11 recombination events; these included five actual recombination events and six possible misalignment artifact recombination events. The most notable was the recombination of a 291-nucleotide (nt) fragment at the 490-780 nt site that was affiliated to a highly pathogenic avian influenza virus (HPAIV) H5N1 (A/tree sparrow/Thailand/VSMU-16-RBR/2005). The phylogenetic tree of the 291-nt recombination fragment on the PB1 segment showed that the novel AIV H7N9 had a close genetic relationship to H9N2 and H5N1. CONCLUSIONS: The novel AIV H7N9 might have reassorted its PB1 segment from H9N2 circulating in China, and this H9N2 PB1 might have been recombined into a highly pathogenic fragment from HPAIV H5N1, which could be the reason for the high fatality rate among patients with AIV H7N9 influenza.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».