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Enregistrement W2286953582 · doi:10.1074/jbc.m115.700716

Explaining the Serological Characteristics of Streptococcus suis Serotypes 1 and 1/2 from Their Capsular Polysaccharide Structure and Biosynthesis

2016· article· en· W2286953582 sur OpenAlexafffund
Marie‐Rose Van Calsteren, Guillaume Goyette-Desjardins, Fleur Gagnon, Masatoshi Okura, Daisuke Takamatsu, René Roy, Marcelo Gottschalk, Mariela Segura

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueStreptococcal Infections and Treatments
Établissements canadiensUniversité de MontréalUniversité du Québec à MontréalCegep de Saint HyacintheCTT Group (Canada)Agriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésSerotypeVirulenceSialic acidMicrobiologyBiologyStreptococcus suisSerologyPathogenLectinResidue (chemistry)PolysaccharideVirologyBiochemistryAntibodyGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The capsular polysaccharide (CPS) is a major virulence factor in many encapsulated pathogens, as it is the case for Streptococcus suis, an important swine pathogen and emerging zoonotic agent. Moreover, the CPS is the antigen at the origin of S. suis classification into serotypes. Hence, analyses of the CPS structure are an essential step to dissect its role in virulence and the serological relations between important serotypes. Here, the CPSs of serotypes 1 and 1/2 were purified and characterized for the first time. Chemical and spectroscopic data gave the following repeating unit sequences: [6)[Neu5Ac(α2-6)GalNAc(β1-4)GlcNAc(β1-3)]Gal(β1-3)Gal(β1-4)Glc(β1-]n (serotype 1) and [4)[Neu5Ac(α2-6)GalNAc(β1-4)GlcNAc(β1-3)]Gal(β1-4)[Gal(α1-3)]Rha(β1-4)Glc(β1-]n (serotype 1/2). The Sambucus nigra lectin, which recognizes the Neu5Ac(α2-6)Gal/GalNAc sequence, showed binding to both CPSs. Compared with previously characterized serotype 14 and 2 CPSs, N-acetylgalactosamine replaces galactose as the sugar bearing the sialic acid residue in the side chain. Serological analyses of the cross-reaction of serotype 1/2 with serotypes 1 and 2 and that between serotypes 1 and 14 suggested that the side chain, and more particularly the terminal sialic acid, constitutes one important epitope for serotypes 1/2 and 2. The side chain is also an important serological determinant for serotype 1, yet sialic acid seems to play a limited role. In contrast, the side chain does not seem to be part of a major epitope for serotype 14. These results contribute to the understanding of the relationship between S. suis serotypes and provide the basis for improving diagnostic tools.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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