Group a Rotaviruses in Children with Gastroenteritis in a Canadian Pediatric Hospital: The Prevaccine Era
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: A publicly funded, group A rotavirus (RVA) vaccination program was implemented in Quebec in November 2011. OBJECTIVES: To evaluate trends in RVA infections and describe circulating genotypes before the implementation of a publicly funded vaccination program. METHODS: The Montreal Children's Hospital (Montreal, Quebec) virology laboratory database was reviewed for RVA ELISA performed between July 2006 and June 2011. A five-week moving average was used to follow the proportion of positive RVA ELISA test results. A season was defined as starting with the first two and ending with the final two consecutive weeks in which the percentage of specimens testing positive for RVA was ≥10%. Duplicate tests were excluded. A random sample of 39 RVA-positive fecal samples from the final season (2010/2011) was genetically characterized: VP4, VP6, VP7 and NSP4 gene segments were genotyped using sequence analysis. RESULTS: Of the 3403 nonduplicate tests, 433 were RVA positive: 15.1% (2006/2007) to 9.3% (2010/2011) of the samples were positive during the study period, with a proportionally larger decrease in the percentage of positive tests compared with the decrease in the number of tests performed. The most common RVA strain types detected were G9P[8]I1 (n=19) and G1P[8]I1 (n=14), followed by G2P[4]I2 (n=4), G3P[6]I1 (n=1) and G4P[8]I2 (n=1). Mixed RVA infection was observed in two samples. CONCLUSION: Before the implementation of the vaccination program, the proportion of positive RVA tests had already begun to steadily decline. The present study was the first to report the genetic makeup of human RVA collected from a Canadian hospital based on the genotyping of four gene segments. The present study provided a baseline with which to monitor the impact of the universal vaccination program.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».