Pyrosequencing analysis of bacterial communities in Lake Bosten, a large brackish inland lake in the arid northwest of China
Notice bibliographique
Résumé
The bacteria inhabiting brackish lake environments are poorly known, and there are few studies on the microbial diversity of these environments. Lake Bosten, a large brackish inland lake, is the largest lake in Xinjiang Province in northwestern China. Because sediments record past limnic changes, the analysis of sedimentary bacteria in Lake Bosten may help elucidate bacterial responses to environmental change. We employed 454 pyrosequencing to investigate the diversity and bacterial community composition in Lake Bosten. A total of 48 230 high-quality sequence reads with 16 314 operational taxonomic units were successfully obtained from the 4 selected samples, and they were numerically dominated by members of the Deltaproteobacteria (17.1%), Chloroflexi (16.1%), Betaproteobacteria (12.6%), Bacteroidetes (6.6%), and Firmicutes (5.7%) groups, accounting for more than 58.1% of the bacterial sequences. The sediment bacterial communities and diversity were consistently different along the 2 geographic environmental gradients: (i) freshwater-brackish water gradient and (ii) oligotrophic-mesotrophic habitat gradient. Deltaproteobacteria, Chloroflexi, and Betaproteobacteria were amplified throughout all of the sampling sites. More Bacteroidetes and Firmicutes were found near the Kaidu River estuary (site 14). Our investigation showed that Proteobacteria did not display any systematic change along the salinity gradient, and numerous 16S rRNA sequences could not be identified at the genus level. Our data will provide a better understanding of the diversity and distribution of bacteria in arid region brackish lakes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».