Characterization of the SMTNL1‐tropomyosin binding interface using hydrogen‐deuterium exchange mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
The smoothelin‐like 1 protein (SMTNL1) modulates muscle contractile activity, particularly in exercise adaptation. SMTNL1 bears sequence similarity to smoothelin, a smooth muscle differentiation marker, particularly in its calponin homology (CH) domain. The interaction of SMTNL1 with tropomyosin (TM) is dependent on the CH domain and some portion of a central, unfolded region (aa 197–342) of SMTNL1. These data are based on pull‐down studies with SMTNL1 truncations, and reinforced by isothermal titration calorimetry experiments. We hypothesize that independent sections of the SMTNL1 protein cooperate to form a functional TM binding surface. We will elucidate the specific surfaces of SMTNL1 involved in TM binding using hydrogen‐deuterium exchange mass spectroscopy (HXMS). To this end, we have mapped pepsin‐derived mass fragments covering 94% of the SMTNL1‐CH domain, and 83% of a functional TM‐binding truncate (SMTNL1‐∆N, aa 196–459). These maps will be compared with deuterated SMTNL1 samples, and with SMTNL1 samples deuterated while bound to TM. The deuterium incorporated is calculated for each SMTNL1 peptide to reveal the interaction interface. The objectives will address the molecular and structural elements of the SMTNL1‐TM interaction and provide a framework for the physiological role of SMTNL1 in vascular smooth muscle biology. The research was supported by HSFC and CIHR.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».