Abstract 361: Epistasis Analysis Identifies Extracellular Matrix Genes Interacting With the COL4A1/COL4A2 Coronary Artery Disease Locus
Notice bibliographique
Résumé
The COL4A1/COL4A2 locus on chromosome 13q34 was significantly associated with coronary artery disease (CAD) in the CARDIoGRAM (Nature Genetics, 2011) and the CARDIoGRAMPlusC4D (Nature Genetics, 2013) meta analyses of several large genome-wide association studies (GWAS). Determination of causative SNPs stemming from GWAS data requires a number of bioinformatic and lab based approaches. Functional analysis of GWAS loci can be aided by epistasis analysis, which interrogates synergistic associations with a given trait between pairs of SNPs, either at the same locus or at different loci. We investigated 4 CAD GWAS cohorts in this study (Ottawa Heart Genomics Study A, Ottawa Heart Genomics Study B, Cleveland Clinic Gene Bank, Duke CATHGEN Study). For epistasis analysis we tested whether CAD-associated SNPs at the COL4A1/COL4A2 locus displayed interaction with other CAD-associated SNPs across the genome and used 2 lists of SNPs. The first list of SNPs were ones at the COL4A1/COL4A2 locus significant for CAD association and the second list of SNPs were ones significantly associated with CAD from across the genome. Using PLINK we then generated a list of SNP pairs showing interaction (Pinteraction<0.05) for CAD association within 1 or more cohorts. Epistasis analysis generated over a dozen loci that demonstrated interaction with COL4A1/COL4A2 SNPs for CAD association, many of which have putative functional roles with respect to CAD. Genes integral to pathways involving COL4A1/COL4A2 were of particular interest in understanding the role of type IV collagen in CAD pathogenesis. We identified several extracellular matrix genes showing interaction with COL4A1/COL4A2 including fibronectin (FN1), COL18A1 as well as transmembrane proteins including ITGA2, encoding integrin α2 and SERPINF1, a member of the serpin peptidase family that strongly inhibits angiogenesis. Other interesting loci include NOTCH4, genes involved in angiogenesis, and mediators of TGFβ signalling. Functional studies are currently being conducted to decipher the roles of COL4A1/COL4A2 and these interacting extracellular matrix genes in CAD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».