An evaluation of rbcL, tufA, UPA, LSU and ITS as DNA barcode markers for the marine green macroalgae
Notice bibliographique
Résumé
T he universality and species discriminatory power of the plastid rubisco large subunit (rbcL) (considering 5' and 3' fragments independently), elongation factor tufA ,a nd universal amplicon (UPA), and the nuclear D2/D3 region of the large ribosomal subunit (LSU) and the internal transcribed spacer of the ribosomal cistron (ITS) were evaluated for their utility as DNA barcode markers for green macroalgae. Excepting low success for ITS, all of these markers failed for the Cladophoraceae. For the remaining taxa, the 3' region of the rbc L( rbcL-3P) and tufA had the largest barcode gaps (difference between maximum intra- and minimum inter-specific divergence). Unfortunately, moderate amplification success (80 %e xcluding Cladophoracae) caused, at least in part, by the presence of introns within the rbcL-3P for some taxa reduced the utility of this marker as au niversal barcode system. The tufA marker, on the other hand, had strong amplification success (95% excluding the Cladophoraceae) and no introns were uncovered. We thus recommend that tufA be adopted as the standard marker for the routine barcoding of green marine macroalgae (excluding the Cladophoraceae). During this survey we discovered cryptic species in Acrosiphonia, Monostroma ,a nd Ulva indicating that significant taxonomic work remains for green macroalgae. Chlorophyta /D NA barcoding /g reen algae /I TS /L SU / rbc L/ tufA /U P
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».