Genomic and proteomic changes during the development of a tomato‐ <i>Verticillium</i> pathosystem.
Notice bibliographique
Résumé
Biology of plant‐microbe interplay is complex and can lead to susceptible, resistant or even tolerant host response states. To better define these at a molecular level we assessed global changes in gene expression at both transcriptional and translational levels in tomato infected by, Verticillium dahliae . DNA microarray (TVR chip) studies of the 3 states reveal complex but distinct patterns of change in plant defense related mRNAs. Many genes that, initially, are strongly induced in the susceptible response are then down regulated at 10 d.p.i. while transcription is less dramatically affected in resistance or tolerance. Similarly, proteomic analyses based on 2D gel comparisons and mass spectrometry showed distinct patterns of protein change. Using Progenesis SameSpots software, 1621 protein spots were mapped. In the three types of interaction, 575 proteins showed significant differences in intensity ≥ 1.5 for 35 pairwise comparisons and 220 spots indicate differences ≥ 2.0. Some proteins were strongly induced but levels of many were reduced in the compatible interaction consistent with "cost of defense". Differences progressed with time. Protein identification by MALD‐TOF indicated most known proteins were plant defense related or had unknown functions. Susceptibility was characterized by the most dramatic increases in defense related proteins but others were reduced relative to a resistant plant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».