Abstract 38: Identification of Thrombomodulin Binding Sites on Thrombin Activatable Fibrinolysis Inhibitor that Mediate Accelerated Activation by Thrombin
Notice bibliographique
Résumé
Thrombin activatable fibrinolysis inhibitor (TAFI) is a human plasma zymogen that provides a molecular connection between coagulation and fibrinolysis. TAFI is activated through proteolytic cleavage by thrombin, thrombin in complex with the endothelial cell cofactor thrombomodulin (TM), or plasmin to generate the enzyme activated TAFI (TAFIa). TAFIa possesses basic carboxypeptidase activity which down-regulates fibrin clot lysis by removing carboxyl-terminal lysine residues from partially degraded fibrin thereby attenuating the positive feedback in the fibrinolytic cascade. Accumulating evidence from several studies suggests that TM and TAFI make direct contacts such that the enhancement of TAFI activation by TM is through binding at sites remote from the activation site (Arg92-Ala93). The elements of TAFI structure that allow accelerated activation of thrombin by TM are largely unknown. Therefore, alanine scanning mutagenesis of surface-exposed charged residues on TAFI was used to identify sites that mediate acceleration of activation by TM and which thus may indicate sites where TM binds to TAFI directly. The rates of activation by thrombin of the variants was measured in the presence or absence of TM. The variants R12A, E28A and R15A exhibited the lowest enhancement of catalytic efficiency in the presence of TM with decreases of 3.0-fold, 3.2-fold and 2.6-fold, respectively, compared to wild-type. The variants D75A/E77A/D78A, E106A, E112A/E116A, R12A/R15A and D54A/D56A showed about half the extent of rate enhancement of wild-type. On the other hand, the variants E99A and E116G exhibited approximately 2.0 to 2.5- fold increases in rate enhancement which may indicate increased binding between TAFI and TM. We determined the antifibrinolytic potential of each variant using an in vitro plasma clot lysis assay. The variants that showed reduced activation by thrombin/TM correspondingly showed impaired stimulation of antifibrinolytic potential by TM. Overall, the data indicate that the variants that showed the strongest TM dependence were focused around the activation peptide which would be near where the C-loop of EGF-3 of TM would contact TAFI. These residues contribute to the increased efficiency of TAFI activation by thrombin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».