Transcriptomic and Epigenetic Profiling of the Lung of Influenza-Infected Pigs: A Comparison of Different Birth Weight and Susceptibility Groups
Notice bibliographique
Résumé
Influenza viruses are a common cause of respiratory disease in swine. Infections range in severity from asymptomatic to causing significant morbidity. The main objective of this study was to compare lung transcriptomic and epigenetic responses to influenza infection in pigs from high or low birth weight litters. The latter is a potential indicator of intrauterine growth restriction, a significant risk factor for prenatal programming effects. Individual pigs from high (HBW) or low birth weight (LBW) litters (n = 17) were inoculated with influenza A virus and euthanized 48 hours later. Lesion severity and viral loads were assessed as previously described. The transcriptional response to infection in LBW and HBW groups (n = 16) was assessed by microarray. A separate analysis of pigs classified as 'Resilient' (RES) or 'Susceptible' (SUS) (n = 6) on the basis of severity of lung pathology was also conducted. Eight genes were confirmed as differentially expressed for the birth weight comparison, including three antiviral genes with lower expression in LBW: ISG15, OAS1, and OAS2 (P<0.05). The promoter region methylation status of these three genes was assessed for each birth weight group, and no differences were found. These expression data are consistent with our previous finding that LBW pigs had less severe lesion scores and a trend towards lower viral titres in lung than the HBW cohort. The SUS v RES comparison identified 91 differentially expressed genes (FDR<0.05) that were enriched with functional annotation terms and pathways associated with inflammation. The cytokine genes IL6, IL8, and CCL2 were all upregulated in SUS pigs, and may have driven disease severity in these animals. In conclusion, this study found no evidence that the transcriptional immune response to influenza was adversely affected by low litter birth weight, but did identify several candidate genes for driving disease pathology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».