BioGRID: A Resource for Studying Biological Interactions in Yeast
Notice bibliographique
Résumé
The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID) is a freely available public database that provides the biological and biomedical research communities with curated protein and genetic interaction data. Structured experimental evidence codes, an intuitive search interface, and visualization tools enable the discovery of individual gene, protein, or biological network function. BioGRID houses interaction data for the major model organism species--including yeast, nematode, fly, zebrafish, mouse, and human--with particular emphasis on the budding yeast Saccharomyces cerevisiae and the fission yeast Schizosaccharomyces pombe as pioneer eukaryotic models for network biology. BioGRID has achieved comprehensive curation coverage of the entire literature for these two major yeast models, which is actively maintained through monthly curation updates. As of September 2015, BioGRID houses approximately 335,400 biological interactions for budding yeast and approximately 67,800 interactions for fission yeast. BioGRID also supports an integrated posttranslational modification (PTM) viewer that incorporates more than 20,100 yeast phosphorylation sites curated through its sister database, the PhosphoGRID.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,010 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,024 | 0,024 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».