Protein interaction network constructing based on text mining and reinforcement learning with application to prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
Constructing interaction network from biomedical texts is a very important and interesting work. The authors take advantage of text mining and reinforcement learning approaches to establish protein interaction network. Considering the high computational efficiency of co-occurrence-based interaction extraction approaches and high precision of linguistic patterns approaches, the authors propose an interaction extracting algorithm where they utilise frequently used linguistic patterns to extract the interactions from texts and then find out interactions from extended unprocessed texts under the basic idea of co-occurrence approach, meanwhile they discount the interaction extracted from extended texts. They put forward a reinforcement learning-based algorithm to establish a protein interaction network, where nodes represent proteins and edges denote interactions. During the evolutionary process, a node selects another node and the attained reward determines which predicted interaction should be reinforced. The topology of the network is updated by the agent until an optimal network is formed. They used texts downloaded from PubMed to construct a prostate cancer protein interaction network by the proposed methods. The results show that their method brought out pretty good matching rate. Network topology analysis results also demonstrate that the curves of node degree distribution, node degree probability and probability distribution of constructed network accord with those of the scale-free network well.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».