Structural basis of G‐tract recognition by hnRNP F: implication for alternative splicing
Notice bibliographique
Résumé
HnRNP F regulates alternative splicing of many pre‐mRNAs, among which the Bcl‐x pre‐mRNA. HnRNP F contains three quasi RNA recognition motifs (qRRMs) that specifically recognizes Guanosine tract (G‐tract) RNA sequences that are crucial for splice site recognition. We solved the structure of the three qRRMs of HnRNP F in complex with a G‐tract RNA (AGGGAU) by NMR. The structures explain how qRRMs specifically recognize three consecutive guanosines. The RNA binding surface of the qRRM is very different than that of the classical RRM and consists of residues located in three loops and involves aromatic residues stacking the RNA and hydrogen bonds between main‐chain and positively charged side‐chains with the three guanosines. Mutagenesis experiments confirmed the importance of these residues in RNA binding. These structures define a novel RNA recognition mechanism. Our data show that G‐tract RNAs form stable G‐quadruplex structures that are destabilized by hnRNP F. We propose that hnRNP F regulates alternative splicing by modifying the RNA structure. Consistently, we show that single qRRMs of hnRNP F regulate splicing of the Bcl‐x pre‐mRNA with almost the same efficiency as the full‐length protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».