Transcriptomic Responses of the Heart and Brain to Anoxia in the Western Painted Turtle
Notice bibliographique
Résumé
Painted turtles are the most anoxia-tolerant tetrapods known, capable of surviving without oxygen for more than four months at 3°C and 30 hours at 20°C. To investigate the transcriptomic basis of this ability, we used RNA-seq to quantify mRNA expression in the painted turtle ventricle and telencephalon after 24 hours of anoxia at 19°C. Reads were obtained from 22,174 different genes, 13,236 of which were compared statistically between treatments for each tissue. Total tissue RNA contents decreased by 16% in telencephalon and 53% in ventricle. The telencephalon and ventricle showed ≥ 2x expression (increased expression) in 19 and 23 genes, respectively, while only four genes in ventricle showed ≤ 0.5x changes (decreased expression). When treatment effects were compared between anoxic and normoxic conditions in the two tissue types, 31 genes were increased (≥ 2x change) and 2 were decreased (≤ 0.5x change). Most of the effected genes were immediate early genes and transcription factors that regulate cellular growth and development; changes that would seem to promote transcriptional, translational, and metabolic arrest. No genes related to ion channels, synaptic transmission, cardiac contractility or excitation-contraction coupling changed. The generalized expression pattern in telencephalon and across tissues, but not in ventricle, correlated with the predicted metabolic cost of transcription, with the shortest genes and those with the fewest exons showing the largest increases in expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».