Tandem mass spectrometry determination of the putative structure of a heterogeneous mixture of Lipid A <sub>s</sub> isolated from the lipopolysaccharide of the Gram‐negative bacteria <i>Aeromonas liquefaciens</i> SJ‐19a
Notice bibliographique
Résumé
RATIONALE: We report herein the electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS) and low-energy collision-induced dissociation tandem mass spectrometry analysis (CID-MS/MS) of a mixture of lipid As isolated from the rough lipopolysaccharide (LPS) of the mutant wild strain of the Gram-negative bacteria Aeromonas liquefaciens (SJ-19a, resistant) grown in the presence of phages. The interaction between the phages and the Gram-negative bacteria regulates host specificity and the heterogeneity of the lipid A component of the LPS. METHODS: The heterogeneous mixture of lipid As was isolated by the aqueous phenol method from the LPS of the rough wild strain of Gram-negative bacteria Aeromonas liquefaciens (SJ-19a). Hydrolysis of the LPS was with 1% acetic acid, and purification was by chromatography using Sephadex G-50 and Sephadex G-15. ESI-MS and low-energy CID-MS/MS analyses were performed with a triple-quadrupole (QqQ) and a Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometer. RESULTS: Preliminary analysis of the lipid As mixture was conducted by ESI-MS in the negative ion mode and the spectrum obtained suggested that the lipid A SJ-19a was composed of a heterogeneous mixture of different lipid A molecules. CID-MS/MS experiments confirmed the identities of the various mono-phosphorylated β-D-GlcpN-(1→6)-α-D-GlcpN disaccharide entities. This lipid As mixture was asymmetrically substituted with fatty acids such as ((R)-14:0(3-OH)), (14:0(3-(R)-(O-12:0)) and (14:0(3-(R)-O-(14:0)) located on the O-3, O-3', N-2 and N-2' positions, respectively. CONCLUSIONS: Low-energy collision-induced dissociation tandem mass spectrometry in-space (QqQ-MS/MS) and in-time (FTICR-MS/MS) allowed the exact determination of the fatty acid acylation positions on the H2 PO3 →4-O'-β-D-GlcpN-(1→6)-α-D-GlcpN disaccharide backbones of this heterogeneous mixture of lipid As , composed inter alia of seven different substituted lipid As , formed from the incomplete biosynthesis of their respective LPS.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».