Assessing the Toxicity of Naphthenic Acids Using a Microbial Genome Wide Live Cell Reporter Array System
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Notice bibliographique
Résumé
Mixtures of naphthenic acids (NAs), which include cyclopentyl and cyclohexyl carboxylic acids, have been suggested to be toxic components in oils spills, effluents from the petrochemical industry and in oil sands process waters (OSPW). The present study demonstrated, for the first time, an application of a high throughput live bacterial cell array in a genome-scale investigation of the toxic mechanisms of environmental chemicals, a commercial NAs technical mixture extracted from crude oil. Real time gene profiling of time- and concentration- dependent responses of live cells exposed to NAs for three hours was conducted using a library of 1800 fluorescent transcriptional reporters for Escherichia coli (E. coli) growing in 384-well plates. The response patterns obtained after exposure to NAs suggested that the primary cellular responses were up-regulation of genes in the pentose phosphate pathway, involved in the molecular function of NADP or NADPH binding, and down-regulation of the ATP-binding cassette (ABC) transporter complex. Transcriptional networks that were significantly modulated by NAs included those that were regulated by transcriptional factors such as CRP-, RecA-, and GadE. Down-regulation of the SOS response pathway suggested that DNA damage might not be the direct result of NAs within the first three hours of exposure. However, CRP-dependent genes modulated by exposure to NAs indicated that the cellular level of cyclic AMP was altered immediately upon exposure of cells to NAs. Furthermore, the linear range of the concentration-response curve of the selected gene reporters encompassed a range of concentrations between 10 and 1000 mg NAs/L, which covers concentrations typically observed in the environment and makes this assay system ideal for the detection of environmental NAs.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle