Abstract 5289: Identification of basal-like subtype-specific MicroRNAs in lymph node negative breast cancer .
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Breast cancer is a heterogeneous disease both clinically and biologically. With the recent recognition of the many different molecular subtypes, a desire to more specifically categorize tumors to allow tailoring of treatment to individual patients has developed. One particularly aggressive and treatment-resistant group is the “basal-like” subtype. However, the molecular events driving this subtype of breast cancer are largely unknown. Here, we propose to examine whether MicroRNAs specifically expressed in basal-like breast cancers contribute to their development and progression. Materials and Methods: Fifty-four formalin fixed paraffin embedded primary tumour samples from lymph-node negative breast cancer patients who were participants in a phase III randomized trial of tamoxifen (Tam) +/- whole breast radiation were collected. Intrinsic molecular subtyping was determined using semi-quantitative analysis of ER, PR, Ki-67, HER2, EGFR and cytokeratin (CK) 5/6 on tissue microarrays (TMAs) constructed from the tumor blocks. Patients were classified into the following categories: luminal A, luminal B, luminal-HER2, HER2 enriched or basal-like phenotypes. The median follow-up for this cohort was 10 years. The expression of 365 miRNAs was measured in these samples using the qRT-PCR based Taqman low density array human miRNA panel (Applied Biosystems). Data were validated in cell line models and further analyzed using level 3 TCGA breast cancer data. Results: Twenty-three miRNAs were identified at a significantly different expressed level in basal-like breast cancers (n = 6) compared with other subtypes (n = 48). This differential expression was validated in publically available RNA-Seq data generated by the TCGA for 20 of the 23 miRNAs. Eight of these twenty miRNAs were found to correlate with corresponding copy-number alterations at their genomic loci using the data generated by TCGA. Further analysis is currently underway to determine the potential contribution of methylation to the expression differences observed. The putative target genes and pathways involved will also be analyzed. Conclusions: MiRNAs are known to play numerous roles in cancer development and progression. In the current study we report several miRNAs with distinct expression patterns in basal-like breast cancers. Further characterization of the phenotypic impact of this deregulation may lead to a better understanding of this aggressive subtype and provide valuable insight needed to develop novel targeted therapies to treat these tumours. Citation Format: Wei Shi, Jeff Bruce, Rui Yan, Fei-Fei Liu. Identification of basal-like subtype-specific MicroRNAs in lymph node negative breast cancer . [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 5289. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-5289
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».