Phylogenetic diversity of eukaryotic marine microbial plankton on the Scotian Shelf Northwestern Atlantic Ocean
Notice bibliographique
Résumé
Phytoplankton on the Scotian Shelf (SS) are well studied using microscopy and flow cytometry (FCM). These tools provide a picture of a diatom dominated spring bloom, and summer–autumn communities dominated by the cyanobacterium Synechococcus. FCM studies have shown that non-diatom microbial eukaryotes are present throughout the year, but the diversity and seasonality of these often smaller difficult to identify species are not well known. We investigated the taxonomic identity of surface and sub-chlorophyll maxima communities, using cloning and sequencing of the 18S rRNA gene, in April and October, along two inshore to offshore transects. Here, we report new taxonomic records and evidence of novel taxa in this well-studied system. For example, during April, previously unreported Phaeocystis spp. were recovered and picophytoplankton 'patches' identified from FCM were marked by the Bolido-Parmales complex. The October communities were phylogenetically diverse with chlorophytes more prevalent. Among heterotrophic taxa, choanoflagellates were characteristic of April along with two clades of uncultivated marine stramenopiles (MAST) clades; MAST-7 and MAST-1. In contrast, MAST-4 was more prevalent in October. There were also onshore versus offshore differences, with the April offshore communities more similar to October communities, reflecting nutrient draw-down and a post-bloom community offshore in April.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».