Comparative study of six methods of protein extraction for two-dimensional gel electrophoresis of proteomic profiling in poplar stems
Notice bibliographique
Résumé
Azri, W., Ennajah, A. and Jing, M. 2013. Comparative study of six methods of protein extraction for two-dimensional gel electrophoresis of proteomic profiling in poplar stems. Can. J. Plant Sci. 93: 895–901. Protein extraction is a crucial step in two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) analysis of proteins, since it can have significant impact on both the quantity and the quality of protein detection. The present study is a comparison between six previously published protocols of protein extraction (A, B, C, D, E, and F) aiming to determine a suitable method to extract total proteins from poplar stems, a recalcitrant plant tissue. The obtained results revealed that method F (optimized method B), combining detergents (CHAPS, Triton X-100, and low sodium dodecyl sulfate amounts) and chaotropes (thiourea and urea), gave the best solution for the problem of protein solubilization. Method F enabled the detection of more than 300 spots reproducible on the 2-DE gel with pH 4–7 immobilized pH gradient strips and 12% sodium dodecyl sulfate–polyacrylamide gel electrophoresis, using silver staining. Our results suggest that Method F is expected to have excellent applications in proteomic studies of poplar stems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».