Subzero Temperature Chromatography and Top-Down Mass Spectrometry for Protein Higher-Order Structure Characterization: Method Validation and Application to Therapeutic Antibodies
Notice bibliographique
Résumé
Characterization of the higher-order structure and structural dynamics of proteins is crucial for in-depth understanding of their functions. Amide hydrogen/deuterium exchange (HDX), monitored by mass spectrometry (MS), is now a popular technique for measuring protein higher-order structural changes. Although the proteolysis-based HDX-MS approach is most commonly used, the "top-down" approach, which fragments intact proteins directly using electron-based dissociation, is becoming an important alternative and has several advantages. However, the commonly used top-down strategies are direct-infusion based and thus can only be used with volatile buffers. This has meant that the "top-down" approach could not be used for studying proteins under physiological conditions-the very conditions which are often very important for preserving a protein's native structure and function. More complex proteins such as those with disulfide bonds present another challenge. Therefore, there is significant interest in developing novel top-down HDX methods that are applicable to all types of protein samples. In this paper, we show how top-down electron capture dissociation and subzero temperature HPLC can be combined and used for this purpose. This method keeps the back-exchange level as low as 2% and has no limitations in terms of protein type and sample solution conditions. Close to single-residue level protein structural information can be generated. The new method is validated through comparison with NMR data using calmodulin as a model protein. Its capability of determining structural changes in therapeutic antibodies (Herceptin) is also demonstrated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».