Abstract 4210: Association of the 15q25 and 5p15 lung cancer susceptibility regions with gene expression in lung tumor tissue
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Lung cancer is one of the most commonly diagnosed cancers worldwide, with 1.6 million new cases reported each year and ranks first in annual global cancer deaths. Genome-wide association studies have identified two independent lung cancer susceptibility loci at chromosome 15q25 and one locus at 5p15. We examined the association of genetic variants in these lung cancer susceptibility regions with gene expression in lung tumor tissue in an effort to elucidate carcinogenic mechanisms by which these variants influence lung cancer risk. We used data from two independent studies: the JBR.10 clinical trial (131 NSCLC patients) and a patient sample from the University Health Network (UHN) in Toronto (181 NSCLC patients). We genotyped seven 15q25 and five 5p15 variants and examined their association with the expression profiles of genes in the corresponding regions measured by Affymetrix HG-U133A. The minor allele (C) of a variant representing one of the two loci at 15q25 (rs2036534) was associated with increased expression of the IREB2 (iron-responsive element binding protein 2) gene in both studies (JBR.10 P=0.042; UHN P=0.002). An FDRα0.05 in the UHN sample increased our confidence in this association. The association appears to be more prominent among patients with lung adenocarcinoma. We did not detect an association between the genotype and expression profile for the other 15q25 locus (represented by rs16969968 and rs1051730). Previous studies suggest that 15q25 variants are associated with risk through an effect on smoking behaviour, indicating risk is modulated through activity of nicotinic acetylcholine receptor genes present in this region. Our results indicate there is a second mechanism through which variants at 15q25 influence risk, operating through modulation of IREB2 gene expression. This finding may have implications for future research on lung cancer chemoprevention strategies. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 4210. doi:1538-7445.AM2012-4210
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».