De novo assembly and analysis of crow lungs transcriptome
Notice bibliographique
Résumé
The jungle crow (Corvus macrorhynchos) belongs to the order Passeriformes of bird species and is important for avian ecological and evolutionary genetics studies. However, there is limited information on the transcriptome data of this species. In the present study, we report the characterization of the lung transcriptome of the jungle crow using GS FLX Titanium XLR70. Altogether, 1,510,303 high-quality sequence reads with 581,198,230 bases was de novo assembled into 22,169 isotigs (isotig represents an individual transcript) and 784,009 singletons. Using these isotigs and 581,681 length-filtered (greater than 300 bp) singletons, 20,010 unique protein-coding genes were identified by BLASTx comparison against a nonredundant (nr) protein sequence database. Comparative analysis revealed that 46,604 (70.29%) and 51,642 (72.48%) of the assembled transcripts have significant similarity to zebra finch and chicken RefSeq proteins, respectively. As determined by GO annotation and KEGG pathway mapping, functional annotation of the unigenes recovered diverse biological functions and processes. Transcripts putatively involved in the immune response were identified. Furthermore, 20,599 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 7525 simple sequence repeats (SSRs) were retrieved from the assembled transcript database. This resource should lay an important base for future ecological, evolutionary, and conservation genetic studies on this species and in other related species.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».