Improved Parameters for the Martini Coarse-Grained Protein Force Field
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
The Martini coarse-grained force field has been successfully used for simulating a wide range of (bio)molecular systems. Recent progress in our ability to test the model against fully atomistic force fields, however, has revealed some shortcomings. Most notable, phenylalanine and proline were too hydrophobic, and dimers formed by polar residues in apolar solvents did not bind strongly enough. Here, we reparametrize these residues either through reassignment of particle types or by introducing embedded charges. The new parameters are tested with respect to partitioning across a lipid bilayer, membrane binding of Wimley-White peptides, and dimerization free energy in solvents of different polarity. In addition, we improve some of the bonded terms in the Martini protein force field that lead to a more realistic length of α-helices and to improved numerical stability for polyalanine and glycine repeats. The new parameter set is denoted Martini version 2.2.
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La notice
- Revue
- Journal of Chemical Theory and Computation
- Thématique
- Lipid Membrane Structure and Behavior
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- University of Calgary
- Organismes subventionnaires
- —
- Mots-clés
- Force field (fiction)PolarMolecular dynamicsChemical physicsLipid bilayerChemistryPolarity (international relations)Biological systemProlineMembraneMaterials scienceComputational chemistryComputer sciencePhysicsAmino acid
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui