Development of a Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Rapid Detection of Mycoplasma hyorhinis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: To establish a method for sensitive and rapid diagnosis of Mycoplasma hyorhinis in clinical specimens, a simple, sensitive loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was designed and evaluated. METHODS: Three sets of four special primers, recognizing distinct sequences of the target, were designed for sensitive, specific amplification of nucleic acid under isothermal conditions. The LAMP assay was carried out using 35 clinical specimens of bronchoalveolar lavage fluid (BALF) from pigs. For comparison, these specimens were also tested using conventional PCR, real-time PCR, and nested PCR assays. RESULTS: After optimization of the reaction condition and reaction system, the LAMP reaction successfully detected Mycoplasma hyorhinis within 40 minutes at 61 degrees C. The LAMP assay achieved a sensitivity of 10(1) copies per microL at 61 degrees C in 40 minutes, compared to real-time PCR and nested PCR, and was over 10(3) times more sensitive than conventional PCR. In the test for the specificity of the LAMP assay, only Mycoplasma hyorhinis genomic DNA was positive and no other microorganisms were positive with the primers, indicating that the LAMP assay is specific to Mycoplasma hyorhinis. Mycoplasma hyorhinis was detected in 32 samples using the LAMP and real-time PCR assays and in 27 and 11 samples using the nested PCR assay and conventional PCR assay, respectively. All the positive samples detected by real-time PCR, nested PCR and conventional PCR assays were positive in the LAMP assay. CONCLUSIONS: The LAMP assay is inexpensive, easy to perform, shows a rapid reaction and does not require complex instruments like PCR. Therefore, LAMP is a simple, accurate, fast, and economical assay suitable as an alternative in veterinary practices.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».