QM/MM MD and free energy simulations of the methylation reactions catalyzed by protein arginine methyltransferase PRMT3
Notice bibliographique
Résumé
Protein arginine N-methyltransferases (PRMTs) catalyze the transfer of methyl group(s) from S-adenosyl-l-methionine (AdoMet) to the guanidine group of arginine residue in abundant eukaryotic proteins. Two major types of PRMTs have been identified in mammalian cells. Type I PRMTs catalyze the formation of asymmetric ω-N G , N G -dimethylarginine (ADMA), while Type II PRMTs catalyze the formation of symmetric ω-N G , N′ G -dimethylarginine (SDMA). The two different methylation products (ADMA or SDMA) of the substrate could lead to different biological consequences. Although PRMTs have been the subject of extensive experimental investigations, the origin of the product specificity remains unclear. In this study, quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) molecular dynamics (MD) and free energy simulations are performed to study the reaction mechanism for one of Type I PRMTs, PRMT3, and to gain insights into the energetic origin of its product specificity (ADMA). Our simulations have identified some important interactions and proton transfers involving the active site residues. These interactions and proton transfers seem to be responsible, at least in part, in making the N η2 atom of the substrate arginine the target of the both 1st and 2nd methylations, leading to the asymmetric dimethylation product. The simulations also suggest that the methyl transfer and proton transfer appear to be somehow concerted processes and that Glu326 is likely to function as the general base during the catalysis.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».