Validation of FOXA1 as a Prognostic Marker in Breast Cancer in a Large Population-Based Tissue Microarray.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract FOXA (Forkhead box protein A) proteins play major roles in development and differentiation. However, recently, FOXA1 has been identified to play a role in controlling nearly 50% of estrogen receptor target genes and has been deemed as a 'pioneer factor'. It is believed to have a dual role in breast cancer: (1) growth promotion by coactivating ERα and (2) growth inhibition by regulating factors like p27Kip1 and E-cadherin. We studied the expression of FOXA1 in a population based tissue microarray of 4,046 invasive breast cancer cases with a median follow- up of 12.4 years using immunohistochemistry and studied its correlation with estrogen receptor and other clinicopathological variables. The percent positivity (P) and intensity (I) of nuclear FOXA1 expression were multiplied to generate a numerical score (S = P × I) that ranged from 0 to 30. Scores between 0 and 3 were defined as low FOXA1 expression and 4 to 30 were defined as high FOXA1 expression. Variable FOXA1 expression was noted in the 3581 interpretable tumors: none (10.6%), weak (3.5%), moderate (19.3%) and strong (55.1%). High level of FOXA1 expression (FOXA1 score greater than 3) was seen in nearly 86% of the tumors. FOXA1 expression correlated positively with ER (p< 0.0001), PR (p< 0.0001), E-cadherin (p<0.0001), age (p< 0.0001) and negatively with basal subtype (p< 0.0001), Ki67 (p<0.0001), tumor size (p< 0.0001) and tumor grade (p<0.0001). Univariate analyses showed small tumor size (T1 tumors), low grade (Grade I), node negative disease, absence of lymphovascular invasion, ER, PR, Her2, cyclin D1 and Ki67 as independent predictors of better overall survival. Patients with Luminal A subtype breast cancers had better overall survival than those with non-Luminal A subtype breast cancers. FOXA1 is found to be a significant predictor of breast cancer specific survival (p=0.012) and locoregional relapse free survival (p=0.0001). However, FOXA1 did not reach statistical significance for disease free survival (p=0.110) and distant relapse free survival (p=0.147). When stratified by molecular subtypes using IHC, FOXA1 did not show any trend for overall survival. In those treated with tamoxifen, low FOXA1 expression was associated with poor overall survival (p<0.0001). In a subset of ERα-positive breast cancer cases, FOXA1 was a significant predictor of breast cancer specific survival (p=0.012). To summarize, FOXA1 expression in ERα-positive breast cancer is of prognostic significance. Citation Information: Cancer Res 2009;69(24 Suppl):Abstract nr 2130.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».