Abstract 4739: Interactions between variants of angiogenesis pathway genes and reflux symptom, BMI, and smoking in esophageal adenocarcinoma susceptibility
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Esophageal adenocarcinoma (EA) is a complex malignancy that involves multiple genetic and environmental risk factors. Genetic polymorphisms in angiogenesis pathway, gastroesophageal reflux symptoms (reflux), higher body mass index (BMI), and tobacco smoking have been individually associated with EA development. However, interactions among multiple factors in EA risk have not been well characterized. We conducted a case-only study to investigate gene-environment interactions among 145 functional/tagging SNPs of angiogenesis pathway genes, reflux, smoking, and BMI in 335 patients with EA. We used a two-stage approach to detect interactions: first, we applied random forest (RF) approach to select important interacting markers based on mean decrease in accuracy and mean decrease in GINI index; then we estimated the interaction odds ratios (ORinter) of RF selected interaction markers by case-only logistic regression, adjusting for covariates and false discovery rate (FDR). We identified twelve interaction markers that were significantly associated with EA risk (all FDR_Ps<0.05). Among them, six interaction markers, including reflux*rs2295778 (HIF1AN) (ORinter=2.27; 95% CI, 1.44-3.57), reflux*rs996999 (MMP1) (ORinter=1.80; 95%CI, 1.12-2.89), reflux*rs13337626 (TSC2) (ORinter=2.18; 95%CI, 1.15-4.12), BMI*rs2114039 (PDGFRA) (ORinter=2.06; 95%CI, 1.29-3.30), BMI*rs6554164 (PDGFRA) (ORinter=1.92; 95% CI, 1.20-3.08), and BMI*rs17708574 (PDGFRB) (ORinter=1.89; 95%CI, 1.12-3.18) were significantly associated with increased risk of EA. On the other hand, six interaction markers, including reflux*rs2519757 (TSC1) (ORinter=0.43; 95% CI, 0.21-0.83), smoking*rs2295778 (HIF1AN) (ORinter=0.45; 95%CI, 0.26-0.79), smoking*rs2296188 (FLT1) (ORinter=0.50; 95%CI, 0.28-0.87), BMI*rs2296188 (FLT1) (ORinter=0.41; 95%CI, 0.24-0.73), BMI*rs11941492 (KDR) (ORinter=0.52; 95%CI, 0.32-0.85), and BMI*rs17619601 (FLT1) (ORinter=0.26; 95%CI, 0.09-0.75) were significantly associated with decreased risk of EA. These findings suggest that variants in angiogenesis pathway genes, reflux, smoking, and BMI jointly contribute to EA development through gene-environment interactions. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 4739.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».