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Enregistrement W2315133269 · doi:10.14288/1.0074068

DNA methylation studies of preeclampsia and related conditions

2013· article· en· W2315133269 sur OpenAlexaff
John D. Blair

Notice bibliographique

RevuecIRcle (University of British Columbia) · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePregnancy and preeclampsia studies
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDNA methylationPreeclampsiaDNAGeneticsComputational biologyBiologyPregnancyGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Preeclampsia is a leading cause of maternal and fetal death throughout the world. It is caused by placental dysfunction and clinically characterized by hypertension and other adverse outcomes. Early-onset preeclampsia (EOPET) is a severe form of the disorder. Despite much investigation, the underlying biology of EOPET is unclear. It is known that disrupted oxygen delivery and altered cellular differentiation are characteristics of preeclampsia placentas, and that this likely has an effect on the placental molecular profile. This thesis primarily investigates DNA methylation, a key component in regulating gene expression, in placentas and cellular states related to EOPET. Investigating placental cells exposed to hypoxia, we found 147 CpG sites in cytotrophoblast whose DNA methylation was significantly altered by exposure to hypoxia for 24 hours. Many of these sites overlapped with the 223 CpG sites that were altered between normoxic cytotrophoblast and syncitiotrophoblast, however the change was in the opposite direction (hypomethylated vs. hypermethylated), implying hypoxia can molecularly prevent differentiation in trophoblast cells. Expanding on these findings to look at DNA methylation in placental tissue from preeclampsia pregnancies, we found significant differences at 282 CpG sites. Several of these differences occurred in genes that have functional relevance for the development of EOPET. Many of the candidate genes also showed differential gene expression in preeclampsia placentas. To investigate the utility of these candidate CpGs as 1st trimester EOPET biomarkers, placentas with increased susceptibility to preeclampsia (trisomy 16) were investigated across gestational ages. There were many DNA methylation differences in 3rd trimester trisomy 16 placentas that were shared with chromosomally normal 3rd trimester EOPET placentas, suggesting a common molecular profile of preeclampsia prone placentas, regardless of etiology. Comparing 1st trimester trisomy 16 against 3rd trimester trisomy 16, we found 77 CpG sites differentially methylated in both conditions, and further found 3 changes in first trimester trisomy 16 shared with 3rd trimester EOPET. Overall, these studies have identified several molecular changes in EOPET and related conditions that provide insight into the biology of the disorder while also providing novel candidates to investigate further in a clinical setting.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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