Structural Influence of C8-Phenoxy-Guanine in the <i>Nar</i>I Recognition DNA Sequence
Notice bibliographique
Résumé
Phenoxyl radicals can covalently attach to the C8 site of 2'-deoxyguanosine (dG) to generate oxygen-linked biaryl ether C8-dG adducts. To assess the structural impact of an O-linked C8-dG adduct in duplex DNA, C8-phenoxy-G ((PhO)G) and C8-4-fluorophenoxy-G ((4FPhO)G) were incorporated into the G(3) position of the 12-mer NarI recognition sequence (5'-CTCGGCXCCATC, where X = G, (PhO)G, or (4FPhO)G) using solid-phase DNA synthesis with O-linked C8-dG phosphoramidites. The modified strands were hybridized to six different complementary strands that include regular base pairing to C [NarI'(C)], mismatches with G, A, T [NarI'(N)], and an abasic site [NarI'(THF)], and a 10-mer sequence to model a -2 deletion duplex [NarI'(-2)]. All duplex structures were characterized using UV-vis thermal melting temperature analysis, and in each instance, the O-linked C8-phenoxy-G adducts were found to destabilize the duplex relative to the unmodified controls. The most stable duplex structures match the O-linked C8-dG adduct against C and a G mismatch, which are comparable in terms of stability. These duplexes were further characterized using circular dichroism, dynamic (19)F nuclear magnetic resonance experiments, and molecular dynamics simulations. On the basis of these findings, (PhO)dG adopts the B conformation opposite C, with the phenoxy moiety residing in the solvent-exposed major groove. However, opposite the G mismatch, (PhO)dG adopts a "W-type" wedge conformation with the phenoxy group residing in the minor groove. These studies predict that the O-linked C8-dG lesion (PhO)G will have a weak mutagenic effect, as determined for the corresponding single-ringed nitrogen-linked C8-dG adduct derived from aniline.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».