Conformational Analysis of Oligoarabinofuranosides: Overcoming Torsional Barriers with Umbrella Sampling
Notice bibliographique
Résumé
In this report, the conformations of a series of mono- and oligoarabinofuranosides were probed through the use of umbrella sampling simulations with the AMBER force field and the GLYCAM carbohydrate parameter set. The rotamer population distribution about the exocyclic C4-C5 bonds and the puckering distributions of the rings obtained from these umbrella sampling simulations were found to be in excellent agreement with those obtained from conventional long MD simulations for small monosaccharide fragments. For larger systems, the conventional MD approach becomes impractical, and we propose the use of umbrella sampling to circumvent poor sampling of certain conformations. The same umbrella sampling simulations were used to calculate the distributions about the vicinal protons and ensemble-averaged vicinal proton-proton coupling constants ((3)JH,H). The distributions about the vicinal protons of a monomer, methyl-α-l-arabinofuranoside (1), were found to be very similar to those obtained from direct umbrella sampling simulations about the vicinal protons. We calculated (3)JH,H based on DFT-based Karplus-like relationships for l-arabinofuranosides. The (3)JH,H values were found to be very similar to those obtained with the conventional MD simulations. For 1, the (3)JH,H values obtained with the DFT-based Karplus equations agree very well with experimental results; the agreement is, however, not as good for the larger oligomers. An approach to determine the experimental rotamer populations from the simulations is also discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».