Abstract 1714: Transcriptional networks downstream of the AR identify clinically relevant prostate cancer targets
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The AR signalling axis is central to Prostate Cancer (PrCa) biology, shown by its use in both screening (PSA) and treatment of the disease (androgen deprivation therapy). Identifying direct target genes of the AR will provide a better understanding the key signalling pathways controlled by the AR in PrCa and could lead to improved biomarkers and future therapeutic targets for the disease. To this end we have performed fine mapping of androgen responsive gene expression in prostate cancer cell lines using Illumina bead-arrays, coupled with AR chromatin-immunoprecipitation and Solexa sequencing technology (ChIP-seq). This approach generated over ten thousand candidate AR target genes. We have then undertaken large scale, cross-platform validation using BioTrove Realtime PCR panels which allow the measurement of >600 transcripts simultaneously. Using this combination of approaches we have identified and validated several hundred AR regulated genes. We found that metabolic enzymes and kinases were significantly enriched in the set of direct AR regulated genes. In nine independent clinical gene expression studies we found that the most consistently up-regulated AR target gene was a calcium regulated kinase. At the protein level this kinase showed increased expression in two independent patient cohorts. A small molecule inhibitor of this kinase reduced the growth of a panel of PrCa cell lines in vitro and tumour growth in xenograft models. Interestingly, we found that the levels of this AR regulated kinase were reduced in clinical PrCa following androgen deprivation therapy, but were raised in Castrate Resistant disease. Therefore, we have identified an AR regulate kinase which contributes to tumour growth and is a potential marker and therapeutic target in both hormone naïve and anti-androgen resistant disease. In summary, these data show that combining expression analysis, ChIP-seq and high through-put validation has identified a framework to understand the oncogenic functions of the AR in prostate cancer. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 1714.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».