Molecular profiling of antimicrobial resistance and integron association of multidrug-resistant clinical isolates of<i>Shigella</i>species from Faisalabad, Pakistan
Notice bibliographique
Résumé
Bacillary dysentery, common in developing countries, is usually caused by Shigella species. A major problem in shigellosis is the rapid emergence of multidrug-resistant strains. This is the first detailed molecular study on drug resistance of Shigella isolates from the Faisalabad region of Pakistan. Ninety-five Shigella isolates obtained after screening of 2500 stool samples were evaluated for in vitro resistance to commonly used antimicrobial agents; the presence or absence of 20 of the most relevant drug resistance genes; and the prevalence of integrons 1, 2, and 3. Shigella flexneri was found to be the most prevalent and most resistant species. Collectively, high resistance was found towards ampicillin (96.84%), tetracycline (93.68%), streptomycin (77.89%), and chloramphenicol (72.63%). Significant emerging resistance was detected towards the modern frontline drugs ciprofloxacin (12.63%), cefradine (17.89%), ceftriaxone (20.00%), cefoperazone (22.10%), and cefixime (28.42%). Prevalence rates for bla(TEM), bla(CTX-M), gyrA, gyrB, qnrS, aadA1, strAB, tetA, tetB, catA, and catP were 78.94%, 12.63%, 20.00%, 21.05%, 21.05%, 67.36%, 42.10%, 12.63%, 53.68%, 33.68%, and 25.26%, respectively. Class 2 integrons (42.10%) were more common in the local isolates. Simultaneous detection of class 1 and 2 integrons in some isolates and a rapidly emerging resistance to modern frontline drugs are the major findings of this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».