EP-03 * MOLECULAR CLASSIFICATION OF EPENDYMAL TUMORS ACROSS ALL CNS COMPARTMENTS, HISTOPATHOLOGICAL GRADES AND AGE GROUPS
Notice bibliographique
Résumé
Ependymal tumors across age groups are currently classified and graded solely by histopathology. It is, however, commonly accepted that this classification scheme has limited clinical utility based on its lack of reproducibility in predicting patients' outcome. DNA methylation patterns in tumors have been shown to represent a very stable molecular memory of the respective cell of origin throughout disease course, making them particularly suitable for tumor classification purposes. To attempt a uniform molecular classification for ependymal tumors across all age groups, histopathological grades and all anatomical CNS compartments – spine (SP), posterior fossa (PF), supratentorial region (ST) - we generated genome-wide DNA methylation profiles for 500 ependymal tumors using the Illumina 450k methylation array. Unsupervised hierarchical clustering of the DNA methylation data identified nine distinct molecular subgroups of ependymal tumors, three within each CNS compartment. One of the subgroups within each compartment was enriched with grade I subependymomas (SE) which were labeled as SP-SE, PF-SE and ST-SE. Within the spinal compartment the other molecular subgroups showed a relatively good concordance with the histopathological subtypes myxopapillary ependymoma (SP-MPE) and ependymoma (SP-EPN). The remaining molecular subgroups within the posterior fossa were previously described as posterior fossa Group A and B ependymomas and are now labeled as PF-EPN-A and PF-EPN-B. Two supratentorial subgroups are characterized by prototypic fusion genes involving RELA(ST-EPN-RELA) and YAP1 (ST-EPN-YAP1), respectively. Notably, the vast majority of high-risk patients (mostly children), for whom novel therapeutic concepts are desperately needed, were restricted to just two of the nine molecular subgroups identified, namely PF-EPN-A and ST-EPN-RELA. Regarding clinical associations, the molecular classification proposed herein outperforms the current histopathological classification and thus might serve as a basis for the next WHO classification of CNS tumors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».