Dissecting the role of viruses in marine nutrient cycling: bacterial uptake of D- and L-amino acids released by viral lysis
Notice bibliographique
Résumé
Lysis of marine bacteria by viruses releases a range of organic compounds into the environment, including D-and L-amino acids, but the uptake of these compounds by other bacteria is not well characterized.This study determined that Photobacterium sp.strain SKA34 (Gammaproteobacteria) increased in abundance following uptake of D-and L-amino acids from viral lysate of Cellulophaga sp.strain MM#3 (Flavobacteria).Ammonium and dissolved free amino acids were taken up almost to detection limits, suggesting that the C:N ratio of bioavailable organic matter in the lysate was high for Photobacterium sp.growth, thus causing a net uptake of ammonium.In contrast, only 1.51 µmol l -1 of the 4.77 µmol l -1 of the total dissolved combined amino acids (DCAAs) were taken up, indicating that a fraction of lysate-derived DCAAs were semi-labile or refractory to bacterial uptake.Both D-and L-amino acid uptake rates were approximately proportional to their concentrations, indicating similar availability for each enantiomer and unsaturated uptake rates.These results imply that under high C:N conditions, both D-amino acids (mainly found in bacterial cell walls) and L-amino acids (found in proteins of the rest of the cell) are equally available for bacterial growth, and support arguments that viruses are key players in marine nitrogen cycling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».