Phylogenetics of Helotiales and Rhytismatales based on partial small subunit nuclear ribosomal DNA sequences
Notice bibliographique
Résumé
The evolutionary sequence leading to the differentiation of ascomatal and ascal types in the Euascomycetes remains poorly understood. To investigate the placement of the inoperculate discomycetes in the phylogeny of Euascomycetes, partial small subunit ribosomal DNA sequences for 36 species placed in Helotiales and Rhytismatales were combined with those of 54 additional species representing the major ascomycete lineages, and two basidiomycetes as outgroups. The apothecial orders Helotiales, Rhytismatales, Pezizales, Caliciales, Lecanorales, and Peltigerales were represented by multiple genera. Maximum parsimony recovered over 100 000 equally most parsimonious trees, with the strict consensus tree collapsing many inoperculate discomycetes into a large Euascomycete polytomy. Weighted parsimony resolved a paraphyletic clade composed of Rhytismatales and Helotiales. Families grouping consistently in the Helotiales/Rhytismatales clade included Bulgariaceae, Helotiaceae, Hemiphacidiaceae, Leotiaceae, Loramycetaceae, Phacidiaceae, Rhytismataceae, Rutstroemiaceae, Sclerotiniaceae, and Thelebolaceae. Orbiliaceae did not group with Helotiales. The small subunit data matrix was more useful for familial relationships in Helotiales and Rhytismatales. Of families represented by multiple taxa, Sclerotiniaceae and Hemiphacidiaceae were monophyletic, Rhytismataceae was paraphyletic, and Helotiaceae and Phacidiaceae were polyphyletic. The placement of several inoperculate discomycete genera with historically problematic ordinal or familial placement based on morphological and developmental features remained equivocal in the small subunit phylogeny. These genera include Cyclaneusma, Darkera, Gremmeniella, Naemacyclus, Phacidium, and Piceomphale. Although further studies are needed, we use the small subunit phylogeny as a framework for discussing the evolution of the ascoma and ascus, the delimitation between Helotiales and Rhytismatales, and certain family concepts within the inoperculate discomycetes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».