Abstract 1430: Characterization of the medulloblastoma splice-ome reveals subgroup-specific changes in alternative splicing and isoform expression patterns
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Medulloblastoma candidate gene approaches have previously identified alternative splicing and isoform expression changes affecting genes critical for cerebellar development and medulloblastoma pathogenesis. Here we present a bioinformatic characterization of the medulloblastoma splice-ome in 103 primary tumors and 14 normal cerebella samples. Medulloblastomas display a statistically significant increase in alternative splicing relative to normal fetal cerebella (2.3-times; P<6.47E-8), with splicing patterns that are specific to each molecular subgroup. Unsupervised hierarchical clustering of alternatively spliced genes accurately assigns medulloblastomas to their correct subgroup. One-third of all medulloblastomas (n=26) display a ‘hyper-spliced’ phenotype, with median splicing levels four-times greater than non-hyperspliced tumors. Hyperspliced medulloblastomas show a relatively worse overall survival (P<3.08E-2), and are seen across all molecular subgroups. Our analysis identifies previously reported splicing events targeting ERBB4 (mixed MB), GLI1 (SHH) and PTCH1 (SHH), supporting our approach. Subgroup-specific pathway analysis of alternatively spliced genes reveals extensive deregulation of neuronal pathways in non-WNT medulloblastomas, with the specific targeting of genes important for axonal guidance, synaptic transmission and neuronal differentiation. Finally, we present evidence for putative regulation of alternative splicing by antisense transcription. These data further demonstrate the differences between medulloblastoma subgroups, and highlight alternative splicing and isoform expression as a mechanism contributing to the transcriptional heterogeneity between subgroups, and perhaps to subgroup specific pathogenic mechanisms. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 1430. doi:1538-7445.AM2012-1430
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».