Proteomics Analysis of Herpes Simplex Virus Type 1-Infected Cells Reveals Dynamic Changes of Viral Protein Expression, Ubiquitylation, and Phosphorylation
Notice bibliographique
Résumé
Herpesviruses are among the most complex and widespread human viruses and cause a number of diseases ranging from cold sores to genital infections and encephalitis. While the composition of viral particles has been studied, less is known about the expression of the whole viral proteome in infected cells. Here, we analyzed the proteome of the prototypical Herpes Simplex Virus type 1 (HSV1) in infected cells by mass spectrometry. Using a high sensitivity LTQ-Orbitrap, we achieved a very high level of protein coverage and identified a total of 67 structural and nonstructural viral proteins. We also identified 90 novel phosphorylation sites and 10 novel ubiquitylation sites on different viral proteins. Ubiquitylation was observed on nine HSV1 proteins. We identified phosphorylation sites on about half of the detected viral proteins; many of the highly phosphorylated ones are known to regulate gene expression. Treatment with inhibitors of DNA replication induced changes of both viral protein abundance and modifications, highlighting the interdependence of viral proteins during the life cycle. Given the importance of expression dynamics, ubiquitylation, and phosphorylation for protein function, these findings will serve as important tools for future studies on herpesvirus biology.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».