A journey through the rational design of molecular solids with halogen bonding
Notice bibliographique
Résumé
The recent application of softer X-ray radiation provides an alternative path to solve protein crystal structures in high throughput pace.In-house chromium Kα radiation (λ = 2.29 Å) is one of the most commonly used softer X-ray radiation wavelengths in macromolecular crystallography.Chromium radiation increases the anomalous signal of many intrinsic elements or often used heavy atoms in derivatization.For example, compared to Cu radiation, the contribution to the anomalous term of sulfur and selenium atom doubles to 1.14 e and 2.28 e, respectively.These enhanced anomalous signals are sufficient to be routinely collected and processed with modern instrumentation and software packages.This work reports several examples of protein structures solved using sulfur-SAD phasing.For these proteins it was difficult to produce or crystallize the selenium-methionine substituted form, or to reproduce more of the original crystals.In other words, the native forms of these crystals had to be used to solve their structures.A single data set was collected with an in-house Cr X-ray radiation source for each protein crystal and was phased by the S-SAD phasing approach.These examples demonstrate that Cr radiation has become a routine phasing approach in the crystallographer's toolkit, which makes it possible to solve a crystal structure with native crystals only or before synchrotron data collection when selenium-methionine substituted protein is not available.This method clearly improves the productivity of macromolecular structure determination, usage of synchrotron beam time and helps enhance high throughput structure determination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».