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Enregistrement W2317960174 · doi:10.1021/ja109589y

Divided-Evolution-Based Pulse Scheme for Quantifying Exchange Processes in Proteins: Powerful Complement to Relaxation Dispersion Experiments

2011· article· en· W2317960174 sur OpenAlexafffund
Guillaume Bouvignies, D. Flemming Hansen, Pramodh Vallurupalli, Lewis E. Kay

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Chemical Society · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Structure and Dynamics
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésChemistryDispersion (optics)Pulse (music)Complement (music)Relaxation (psychology)Statistical physicsChemical physicsOpticsBiochemistryPhysicsNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A method for quantifying millisecond time scale exchange in proteins is presented based on scaling the rate of chemical exchange using a 2D (15)N, (1)H(N) experiment in which (15)N dwell times are separated by short spin-echo pulse trains. Unlike the popular Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) experiment where the effects of a radio frequency field on measured transverse relaxation rates are quantified, the new approach measures peak positions in spectra that shift as the effective exchange time regime is varied. The utility of the method is established through an analysis of data recorded on an exchanging protein-ligand system for which the exchange parameters have been accurately determined using alternative approaches. Computations establish that a combined analysis of CPMG and peak shift profiles extends the time scale that can be studied to include exchanging systems with highly skewed populations and exchange rates as slow as 20 s(-1).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,018
Score d'incertitude au seuil0,337

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2011
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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