Minimalist Synthetic Host with Stacked Guanidinium Ions Mimics the Weakened Hydration Shells of Protein–protein Interaction Interfaces
Notice bibliographique
Résumé
Protein surfaces are complex solutes, and protein-protein interactions are specifically mediated by surface motifs that modulate solvation shells in poorly understood ways. We report herein a supramolecular host that is designed to mimic one of the most important recognition motifs that drives protein-protein interactions, the stacked arginine side chain. We show that it binds its guests and displays good selectivity in the highly competitive medium of pure, buffered water. We use a combination of experimental studies of binding and molecular dynamics simulations to build a cohesive picture of how this biomimetic host achieves the feat. The presence of the stacking element next to the guanidinium groups causes a decrease in the number of host-water hydrogen bonds, a decrease in the density of water around the host, and a decrease in water-water hydrogen bonds near the host. Experimental data using mixed organic/aqueous solvent systems confirm that this host relies on the hydrophobic effect in a way that the two control hosts do not. Our simulations and analysis provide detailed information on the linkage between (de)hydration and binding events in water in a way that could be applied to many aqueous supramolecular systems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».