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Enregistrement W2318200996 · doi:10.1158/1538-7445.am2013-3108

Abstract 3108: A novel role for hPygo2 in ribosomal RNA transcription.

2013· article· en· W2318200996 sur OpenAlexaff
Phillip Andrews, Kenneth R. Kao

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueNutrition, Genetics, and Disease
Établissements canadiensMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyChromatin immunoprecipitationChromatin remodelingChromatinCell biologyTranscription (linguistics)HistoneRibosomal proteinMolecular biologyRibosomeGene expressionRNAPromoterGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background: Several ribosomes are required for each translated messenger RNA. During cell growth and division, a significant proportion of cellular resources are devoted to the production of ribosomes, but the epigenetic mechanisms by which cells adjust to this requirement are not fully understood. We have previously demonstrated that human Pygopus 2 (hPygo2) is highly expressed in, and required for the growth of a number of different cancers. hPygo2 functions as a chromatin remodeling protein through direct association with trimethylated Histone H3 at lysine4 (H3K4me3). It is here that hPygo2 likely serves as an adapter to which histone acetyltransferases can bind and promote further chromatin remodeling events required for transcription. We now present evidence that hPygo2 is involved in chromatin remodeling at the ribosomal (r)RNA promoter during proliferative growth of cancer cells. Methods: Immunoprecipitation (IP) and immunofluorescence (IF) was performed in breast (MCF7), ovarian (SKOV3) and cervical (HeLa) cancer cells. siRNAs were designed to specifically deplete hPygo2. For hPygo2 binding to the ribosomal gene promoter, chromatin IPs were used and analyzed by conventional or quantitative (q) PCR. 47S rRNA expression was measured by qPCR or by pulse-chase with either Br-UTP or 3H-uridine. Cell cycle analysis was performed by flow cytometry. Results: We found that hPygo2 interacted with UBF-1 and Treacle, two nucleolar proteins involved in 47S rRNA transcription. hPygo2 co-localized with UBF-1 and Treacle along with newly synthesized de novo rRNA in the nucleoli of cancer cells. hPygo2 was further detected at the ribosomal gene promoter along with core components of the rDNA transcription complex, including RNA polymerase I. Furthermore, hPygo2 was required for Histone H4 acetylation at the rRNA promoter and for transcription of the 47S pre-rRNA. Depletion of hPygo2 was accompanied by activation of the ribosomal stress response, detected by the binding of ribosomal protein L11 to hdm2, thereby inhibiting its E3 ubiquitin ligase activity resulting in p53 dependent growth arrest. Conclusion: Our results suggest that chromatin remodeling function of hPygo2 may serve to augment or maintain 47S pre-rRNA transcription required for ribosome biogenesis in cancer. Citation Format: Phillip G. P. Andrews, Kenneth R. Kao. A novel role for hPygo2 in ribosomal RNA transcription. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 3108. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-3108

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,051
Tête enseignante GPT0,364
Écart entre enseignants0,313 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2013
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