Validation of a custom 512-gene breast cancer panel on the illumina-based DASL mRNA expression platform: focus on triple negative breast tumors using RNA from stored formalin-fixed, paraffin blocks.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Abstract #2027 Background: DASL (cDNA-mediated Annealing, Selection, extension Ligation) is a recently described, RT-PCR-based, multiplex gene expression assay developed by Illumina specifically for use with fragmented RNA prepared from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples. For use with this assay, we have designed a custom 512-gene breast cancer panel, validated this panel with FFPE breast tumor samples, and identified novel genes associated with the triple negative (TN) subtype. Material and Methods: The DASL assay was used to measure mRNA levels from RNA isolated from 5 um FFPE breast tumor sections using the Roche High Pure Kit. Samples that passed our quality control tests were run in the assay. Arrays were imaged using a BeadArray Reader and data was analyzed using BeadStudio software. Differential mRNA regulation was identified by Significance Analysis of Microarrays software using a false discover rate (q-value < 0.01) or Bonferroni correction of the two-tailed Student's t-test. IHC concordance was measured by mRNA expression fold-change for positive versus negative IHC categories. Results: To validate our custom breast cancer panel, we performed the DASL assay on 187 samples from 87 patients with differing receptor status as previously determined by IHC (ER, PR, HER2) and/or FISH (HER2). Correlation between 152 common genes on Illumina's 502-gene standard cancer panel and our custom panel was very high; R2 value of 0.88. Concordance between IHC/FISH and DASL data for ESR1, PGR and ERBB2 was > 90%. We identified 73 genes differentially expressed between TN and the other tumor samples. Of these, 20 were in common between the standard and custom panels, 53 were uniquely expressed on the custom panel. These included genes associated with the TN/Basal subtype identified in previous microarray studies; CXCL1, CDH3, ANXA8, KRT5, TRIM29, KRT17, MFGE8, CX3CL1, FZD7, CHI3L2, B3GNT5 (PNAS 100:8418, 2003) and CDH3, CRABP1, CX3CL1, FOXC1, MMP7 (BMC Genomics 7:96, 2006) further validating both DASL assay and custom panel. In addition, we identified genes not previously linked to the TN subtype, highlighting the potential utility of the custom panel for profiling breast tumor FFPE specimens in the DASL assay. Discussion: We have designed and validated a custom 512-gene breast cancer panel for expression profiling studies using RNA prepared from FFPE tumor specimens on the DASL platform. Thus far, we have identified a 73-gene set with the custom panel (significantly more genes than with the standard panel) that can discriminate TN from other receptor expressing subtypes. We are now applying this platform to samples from clinical trials in order to identify both prognostic and predictive breast tumor gene sets. Citation Information: Cancer Res 2009;69(2 Suppl):Abstract nr 2027.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».