Theoretical Investigations on the Conformation of the β-<scp>d</scp>-Arabinofuranoside Ring
Notice bibliographique
Résumé
A method for the conformational analysis of furanose rings that involves the prediction of (3)JH,H that can be compared directly to experimental values is investigated. This method, which differs from the traditional PSEUROT approach for conformational studies of furanose rings, was previously applied to a number of α-d-arabinofuranosides and enabled the direct comparison of (3)JH,H values to those obtained from NMR spectroscopy. In this paper, the use of this approach to study the conformational preferences of oligosaccharides containing β-linked arabinofuranose residues is reported. Density functional theory (DFT) calculations were carried out to derive Karplus relationships that are specifically tailored for these ring systems. In addition, probability distributions obtained from GLYCAM/AMBER molecular dynamics simulations were employed to calculate (3)JH,H values from these Karplus relationships. However, unlike the results obtained with α-arabinofuranosides, the (3)JH,H values computed for β-arabinofuranosides agreed poorly with experimental values. This prompted the exploration of other methodologies including reevaluation and optimization of the initial MD protocol, use of various force field models, and recalculation of the DFT-derived coupling profiles using an optimized basis set. After extensive investigations, we established that the conformer distributions obtained from MD simulations with the GLYCAM force fields and the furanoside-specific CHARMM force field in combination with the DFT Karplus equations, determined using an augmented basis set (B3LYP/aug-cc-pVTZ-J), produced the best agreement compared to experimental (3)JH,H values. Using these protocols, there is relatively good agreement in (3)JH,H for all coupling pathways with the exception of (3)J2,3 and (3)J3,4, which are underestimated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».