Biosynthesis of Fe–S clusters by Suf system: implications from crystal structure of SufCD complex
Notice bibliographique
Résumé
IsdG and IsdI are paralogous proteins from Staphylococcus aureus that reductively degrade hemin.Final heme degradation products of IsdG and IsdI are yet to be elucidated, nor has it been determined how oxygen binds to initiate the reaction.The crystal structures of an inactive N7A variant of IsdG in complex with Fe 3+ -protoporphyrin IX (IsdG-hemin) and of IsdI in complex with cobalt protoporphyrin IX (IsdI-CoPPIX) were solved to 1.8 Å or better resolution.These structures show that the metalloporphyrins are buried into similar deep clefts and the propionic acids form salt bridges to two Arg residues.His77 (IsdG) or His76 (IsdI), a residue required for activity, is coordinated to Fe 3+ or Co 3+ atoms, respectively.The bound porphyrin rings form extensive steric interactions in the binding cleft such that the porphyrin rings are highly distorted from the planar.This distortion can be described as ruffled and places the b-and d-meso carbons close to the distal oxygen-binding site.In the structure of IsdI-CoPPIX, the distal side of the CoPPIX accommodates a chloride ion in a cavity formed through a conformational change in Ile55.The chloride ion participates in a hydrogen bond to the side chain amide of Asn6.We also have determined the crystal structures of IsdG-hemin and IsdI-hemin bound to cyanide to resolutions of ~1.8 Å. Structural information from these complexes is valuable in understanding the regiospecificity of ring cleavage.We propose a reaction mechanism in which reactive peroxide intermediate proceeds with nucleophilic oxidation at the b-or d-meso carbon of the hemin.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».