Autochthonous infection with hepatitis E virus related to subtype 3a, France: a case report
Notice bibliographique
Résumé
Hepatitis E virus (HEV) recently emerged in Europe as a cause of autochthonous acute hepatitis and a porcine zoonosis. European autochthonous cases almost exclusively involved viruses of genotype 3, subtype 3a being only recently reported in France, from farm pigs. We report an autochthonous human infection with a HEV related to subtype 3a in Southeastern France. A 55-year-old human immunodeficiency virus-infected man presented liver cytolysis in June 2014. HEV RNA was detected in serum and three months later, anti-HEV IgM and IgG were positive whereas HEV RNA was no more detectable in serum. No biological or clinical complication did occur. HEV phylogeny based on two capsid gene fragments showed clustering of sequences obtained from the case-patient with HEV-3a, mean nucleotide identity being 91.7 and 91.3% with their 10 best GenBank matches that were obtained in Japan, South Korea, USA, Canada, Germany and Hungria from humans, pigs and a mongoose. Identity between HEV sequence obtained here and HEV-3a sequences obtained at our laboratory from farm pigs sampled in 2012 in Southeastern France was only 90.2-91.4%. Apart from these pig sequences, best hits from France were of subtypes 3i, 3f, or undefined. The patient consumed barely cooked wild-boar meat; no other risk factor for HEV infection was documented. In Europe, HEV-3a has been described in humans in England and Portugal, in wild boars in Germany, and in pigs in Germany, the Netherlands, and, recently, France. These findings suggest to gain a better knowledge of HEV-3a circulation in France.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».