Conformer-Specific Hydrogen Exchange Analysis of Aβ(1–42) Oligomers by Top-Down Electron Capture Dissociation Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Protein structural studies are particularly challenging under conditions in which several conformational species (e.g., monomers and aggregated forms) coexist in solution. Most spectroscopic techniques provide population-averaged data. Hence, it is usually not possible to obtain detailed structural information on individual protein species in heterogeneous samples. The current work employs an experimental strategy that addresses this issue. Solution-phase hydrogen exchange (HX) is used in combination with tandem mass spectrometry. Electrosprayed intact ions exhibiting specific HX mass shifts are selected in the gas phase, followed by electron capture dissociation. The resulting fragment ion deuteration pattern provides amide hydrogen bonding information in a conformer-specific and spatially resolved fashion. The feasibility of this approach is demonstrated by applying it to neurotoxic Aβ(1-42) oligomers that coexist with disordered monomers in solution. The findings of this study point to similarities between oligomers and mature amyloid fibrils with regard to the Aβ(1-42) backbone organization. Specifically, fibrils and oligomers appear to share a β-loop-β secondary structure motif. The spatial resolution obtained with the "top-down" approach used here exceeds that of earlier proteolysis-based HX data on Aβ.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».