Counting Missing Values in a Metabolite-Intensity Data Set for Measuring the Analytical Performance of a Metabolomics Platform
Notice bibliographique
Résumé
Metabolomics requires quantitative comparison of individual metabolites present in an entire sample set. Unfortunately, missing intensity values in one or more samples are very common. Because missing values can have a profound influence on metabolomic results, the extent of missing values found in a metabolomic data set should be treated as an important parameter for measuring the analytical performance of a technique. In this work, we report a study on the scope of missing values and a robust method of filling the missing values in a chemical isotope labeling (CIL) LC-MS metabolomics platform. Unlike conventional LC-MS, CIL LC-MS quantifies the concentration differences of individual metabolites in two comparative samples based on the mass spectral peak intensity ratio of a peak pair from a mixture of differentially labeled samples. We show that this peak-pair feature can be explored as a unique means of extracting metabolite intensity information from raw mass spectra. In our approach, a peak-pair peaking algorithm, IsoMS, is initially used to process the LC-MS data set to generate a CSV file or table that contains metabolite ID and peak ratio information (i.e., metabolite-intensity table). A zero-fill program, freely available from MyCompoundID.org , is developed to automatically find a missing value in the CSV file and go back to the raw LC-MS data to find the peak pair and, then, calculate the intensity ratio and enter the ratio value into the table. Most of the missing values are found to be low abundance peak pairs. We demonstrate the performance of this method in analyzing an experimental and technical replicate data set of human urine metabolome. Furthermore, we propose a standardized approach of counting missing values in a replicate data set as a way of gauging the extent of missing values in a metabolomics platform. Finally, we illustrate that applying the zero-fill program, in conjunction with dansylation CIL LC-MS, can lead to a marked improvement in finding significant metabolites that differentiate bladder cancer patients and their controls in a metabolomics study of 109 subjects.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».