Discovery of a Novel Class II Lasso Peptide from Streptomyces sp. RKKD-790
Notice bibliographique
Résumé
Streptomyces sp. RKKD-790 produces a novel class II lasso peptide consisting of 15 amino acids. The lasso fold is formed by the C-terminal tail irreversibly threading through a macrolactam ring formed between glycine at the N-terminus and aspartic acid at the eighth amino acid position. The threaded structure is held in place by Trp-14 and Leu-15 which act as bulky steric locks that prevent the linear tail from unthreading. Lasso peptides are extremely stable due to this threaded structure and make effective molecular scaffolds for drug design. This is the smallest lasso peptide isolated to date and provides an example of the minimum structural features required to form the knotted structure. It was discovered by analyzing LCMS profiles of a library of bacterial fermentation extracts using the multivariate statistic tool Principal Component Analysis. The structure was elucidated using NMR spectroscopy and the lasso fold was determined using tandem mass spectrometry and computational modeling from NOE distance constraints. The discovery, isolation and structure elucidation of this novel peptide will be presented.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».